খবর

গত দশকে, ক্যান্সার গবেষণা এবং ক্লিনিকাল অনুশীলনে জিন সিকোয়েন্সিং প্রযুক্তি ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত হয়েছে, যা ক্যান্সারের আণবিক বৈশিষ্ট্যগুলি প্রকাশের জন্য একটি গুরুত্বপূর্ণ হাতিয়ার হয়ে উঠেছে। আণবিক রোগ নির্ণয় এবং লক্ষ্যযুক্ত থেরাপির অগ্রগতি টিউমার নির্ভুল থেরাপি ধারণার বিকাশকে উৎসাহিত করেছে এবং টিউমার রোগ নির্ণয় এবং চিকিৎসার সমগ্র ক্ষেত্রে বিরাট পরিবর্তন এনেছে। জেনেটিক টেস্টিং ক্যান্সারের ঝুঁকি সম্পর্কে সতর্ক করতে, চিকিৎসার সিদ্ধান্তগুলি পরিচালনা করতে এবং পূর্বাভাস মূল্যায়ন করতে ব্যবহার করা যেতে পারে এবং রোগীর ক্লিনিকাল ফলাফল উন্নত করার জন্য এটি একটি গুরুত্বপূর্ণ হাতিয়ার। এখানে, আমরা ক্যান্সার নির্ণয় এবং চিকিৎসায় জেনেটিক পরীক্ষার প্রয়োগ পর্যালোচনা করার জন্য CA ক্যান্সার জে ক্লিন, জেসিও, অ্যান অনকোল এবং অন্যান্য জার্নালে প্রকাশিত সাম্প্রতিক নিবন্ধগুলির সারসংক্ষেপ তুলে ধরছি।

সোমাটিক মিউটেশন এবং জার্মলাইন মিউটেশন। সাধারণত, ক্যান্সার ডিএনএ মিউটেশনের কারণে হয় যা পিতামাতার কাছ থেকে উত্তরাধিকারসূত্রে পাওয়া যেতে পারে (জার্মলাইন মিউটেশন) অথবা বয়সের সাথে সাথে অর্জিত হতে পারে (সোমাটিক মিউটেশন)। জীবাণু লাইন মিউটেশন জন্ম থেকেই উপস্থিত থাকে এবং মিউটেটর সাধারণত শরীরের প্রতিটি কোষের ডিএনএতে মিউটেশন বহন করে এবং সন্তানদের কাছে প্রেরণ করা যেতে পারে। নন-গ্যামেটিক কোষের ব্যক্তিদের দ্বারা সোমাটিক মিউটেশন অর্জিত হয় এবং সাধারণত সন্তানদের কাছে প্রেরণ করা হয় না। জার্মলাইন এবং সোমাটিক মিউটেশন উভয়ই কোষের স্বাভাবিক কার্যকরী কার্যকলাপকে ধ্বংস করতে পারে এবং কোষের ম্যালিগন্যান্ট রূপান্তরের দিকে পরিচালিত করতে পারে। সোমাটিক মিউটেশনগুলি ম্যালিগন্যান্সির একটি মূল চালিকাশক্তি এবং অনকোলজির ক্ষেত্রে সবচেয়ে ভবিষ্যদ্বাণীমূলক বায়োমার্কার; তবে, প্রায় 10 থেকে 20 শতাংশ টিউমার রোগীর জার্মলাইন মিউটেশন থাকে যা তাদের ক্যান্সারের ঝুঁকি উল্লেখযোগ্যভাবে বৃদ্ধি করে এবং এই মিউটেশনগুলির কিছু থেরাপিউটিকও।
ড্রাইভার মিউটেশন এবং প্যাসেঞ্জার মিউটেশন। সব ডিএনএ ভ্যারিয়েন্ট কোষের কার্যকারিতাকে প্রভাবিত করে না; গড়ে, স্বাভাবিক কোষের অবক্ষয় শুরু করতে "ড্রাইভার মিউটেশন" নামে পরিচিত পাঁচ থেকে দশটি জিনোমিক ইভেন্ট লাগে। ড্রাইভার মিউটেশন প্রায়শই কোষের জীবন কার্যকলাপের সাথে ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত জিনগুলিতে ঘটে, যেমন কোষের বৃদ্ধি নিয়ন্ত্রণ, ডিএনএ মেরামত, কোষ চক্র নিয়ন্ত্রণ এবং অন্যান্য জীবন প্রক্রিয়ায় জড়িত জিন, এবং থেরাপিউটিক লক্ষ্য হিসাবে ব্যবহারের সম্ভাবনা থাকে। যাইহোক, যেকোনো ক্যান্সারে মোট মিউটেশনের সংখ্যা বেশ বড়, কিছু স্তন ক্যান্সারে কয়েক হাজার থেকে শুরু করে কিছু অত্যন্ত পরিবর্তনশীল কোলোরেক্টাল এবং এন্ডোমেট্রিয়াল ক্যান্সারে 100,000 এরও বেশি। বেশিরভাগ মিউটেশনের কোনও জৈবিক তাৎপর্য নেই বা সীমিত, এমনকি যদি মিউটেশনটি কোডিং অঞ্চলে ঘটে, তবে এই ধরনের তুচ্ছ মিউটেশনাল ঘটনাগুলিকে "যাত্রী মিউটেশন" বলা হয়। যদি একটি নির্দিষ্ট টিউমার ধরণের একটি জিন ভ্যারিয়েন্ট চিকিৎসার প্রতি তার প্রতিক্রিয়া বা প্রতিরোধের পূর্বাভাস দেয়, তাহলে ভ্যারিয়েন্টটিকে ক্লিনিক্যালি কার্যকর বলে মনে করা হয়।
অনকোজিন এবং টিউমার দমনকারী জিন। ক্যান্সারে ঘন ঘন পরিবর্তিত জিনগুলিকে মোটামুটি দুটি ভাগে ভাগ করা যেতে পারে, অনকোজিন এবং টিউমার দমনকারী জিন। স্বাভাবিক কোষে, অনকোজিন দ্বারা এনকোড করা প্রোটিন মূলত কোষের বিস্তার বৃদ্ধি এবং কোষের অ্যাপোপটোসিস প্রতিরোধের ভূমিকা পালন করে, অন্যদিকে অনকোজিন দ্বারা এনকোড করা প্রোটিন মূলত স্বাভাবিক কোষের কার্যকারিতা বজায় রাখার জন্য কোষ বিভাজনকে নেতিবাচকভাবে নিয়ন্ত্রণ করার জন্য দায়ী। ম্যালিগন্যান্ট রূপান্তর প্রক্রিয়ায়, জিনোমিক মিউটেশন অনকোজিনের কার্যকলাপ বৃদ্ধি করে এবং অনকোজিন দমনকারী জিনের কার্যকলাপ হ্রাস বা হ্রাস করে।
ছোট পরিবর্তন এবং কাঠামোগত পরিবর্তন। জিনোমের মধ্যে এই দুটি প্রধান ধরণের মিউটেশন। ছোট পরিবর্তনগুলি বেস সন্নিবেশ, মুছে ফেলা, ফ্রেমশিফ্ট, কোডন লস শুরু করা, কোডন লস মিউটেশন বন্ধ করা ইত্যাদি সহ অল্প সংখ্যক বেস পরিবর্তন, মুছে ফেলা বা যোগ করে ডিএনএ পরিবর্তন করে। কাঠামোগত পরিবর্তন হল একটি বৃহৎ জিনোম পুনর্বিন্যাস, যার মধ্যে কয়েক হাজার বেস থেকে ক্রোমোজোমের বেশিরভাগ অংশ পর্যন্ত আকারের জিন অংশ জড়িত, যার মধ্যে জিন কপি নম্বর পরিবর্তন, ক্রোমোজোম মুছে ফেলা, অনুলিপি, বিপরীতকরণ বা স্থানান্তর অন্তর্ভুক্ত। এই মিউটেশনগুলি প্রোটিন ফাংশন হ্রাস বা বৃদ্ধি করতে পারে। পৃথক জিনের স্তরে পরিবর্তন ছাড়াও, জিনোমিক স্বাক্ষরগুলি ক্লিনিকাল সিকোয়েন্সিং রিপোর্টের অংশ। জিনোমিক স্বাক্ষরগুলিকে ছোট এবং/অথবা কাঠামোগত পরিবর্তনের জটিল প্যাটার্ন হিসাবে দেখা যেতে পারে, যার মধ্যে রয়েছে টিউমার মিউটেশন লোড (TMB), মাইক্রোস্যাটেলাইট অস্থিরতা (MSI), এবং হোমোলগাস রিকম্বিনেশন ত্রুটি।

ক্লোনাল মিউটেশন এবং সাবক্লোনাল মিউটেশন। ক্লোনাল মিউটেশন সকল টিউমার কোষে উপস্থিত থাকে, রোগ নির্ণয়ের সময় উপস্থিত থাকে এবং চিকিৎসার অগ্রগতির পরেও উপস্থিত থাকে। অতএব, ক্লোনাল মিউটেশনগুলি টিউমার থেরাপিউটিক লক্ষ্য হিসাবে ব্যবহারের সম্ভাবনা রাখে। সাবক্লোনাল মিউটেশনগুলি কেবলমাত্র ক্যান্সার কোষের একটি উপসেটে উপস্থিত থাকে এবং রোগ নির্ণয়ের শুরুতে সনাক্ত করা যেতে পারে, তবে পরবর্তী পুনরাবৃত্তির সাথে অদৃশ্য হয়ে যায় বা কেবল চিকিৎসার পরেই দেখা যায়। ক্যান্সারের ভিন্নতা বলতে একটি একক ক্যান্সারে একাধিক সাবক্লোনাল মিউটেশনের উপস্থিতি বোঝায়। উল্লেখযোগ্যভাবে, সমস্ত সাধারণ ক্যান্সার প্রজাতির ক্লিনিক্যালি উল্লেখযোগ্য ড্রাইভার মিউটেশনের বেশিরভাগই ক্লোনাল মিউটেশন এবং ক্যান্সারের অগ্রগতি জুড়ে স্থিতিশীল থাকে। প্রতিরোধ, যা প্রায়শই সাবক্লোন দ্বারা মধ্যস্থতা করা হয়, রোগ নির্ণয়ের সময় সনাক্ত নাও হতে পারে তবে চিকিৎসার পরে যখন এটি পুনরায় দেখা দেয় তখন দেখা যায়।

ক্রোমোজোম স্তরে পরিবর্তন সনাক্ত করার জন্য ঐতিহ্যবাহী কৌশল FISH বা কোষ ক্যারিওটাইপ ব্যবহার করা হয়। FISH জিন ফিউশন, ডিলিটেশন এবং অ্যামপ্লিফিকেশন সনাক্ত করতে ব্যবহার করা যেতে পারে এবং উচ্চ নির্ভুলতা এবং সংবেদনশীলতা সহ এই ধরনের রূপ সনাক্তকরণের জন্য "স্বর্ণমান" হিসাবে বিবেচিত হয়, কিন্তু সীমিত থ্রুপুট। কিছু হেমাটোলজিক ম্যালিগন্যান্সিতে, বিশেষ করে তীব্র লিউকেমিয়ায়, ক্যারিওটাইপিং এখনও রোগ নির্ণয় এবং পূর্বাভাস নির্দেশ করার জন্য ব্যবহৃত হয়, তবে এই কৌশলটি ধীরে ধীরে FISH, WGS এবং NGS এর মতো লক্ষ্যযুক্ত আণবিক পরীক্ষা দ্বারা প্রতিস্থাপিত হচ্ছে।
রিয়েল-টাইম পিসিআর এবং ডিজিটাল ড্রপ পিসিআর উভয়ই পিসিআর দ্বারা পৃথক জিনের পরিবর্তন সনাক্ত করা যেতে পারে। এই কৌশলগুলির উচ্চ সংবেদনশীলতা রয়েছে, ছোট অবশিষ্ট ক্ষত সনাক্তকরণ এবং পর্যবেক্ষণের জন্য বিশেষভাবে উপযুক্ত এবং তুলনামূলকভাবে অল্প সময়ের মধ্যে ফলাফল পেতে পারে, অসুবিধা হল সনাক্তকরণের পরিসর সীমিত (সাধারণত শুধুমাত্র এক বা কয়েকটি জিনে মিউটেশন সনাক্ত করা যায়), এবং একাধিক পরীক্ষার ক্ষমতা সীমিত।
ইমিউনোহিস্টোকেমিস্ট্রি (IHC) হল একটি প্রোটিন-ভিত্তিক পর্যবেক্ষণ সরঞ্জাম যা সাধারণত ERBB2 (HER2) এবং ইস্ট্রোজেন রিসেপ্টরের মতো বায়োমার্কারের অভিব্যক্তি সনাক্ত করতে ব্যবহৃত হয়। IHC নির্দিষ্ট পরিবর্তিত প্রোটিন (যেমন BRAF V600E) এবং নির্দিষ্ট জিন ফিউশন (যেমন ALK ফিউশন) সনাক্ত করতেও ব্যবহার করা যেতে পারে। IHC এর সুবিধা হল এটিকে রুটিন টিস্যু বিশ্লেষণ প্রক্রিয়ায় সহজেই সংহত করা যায়, তাই এটি অন্যান্য পরীক্ষার সাথে একত্রিত করা যেতে পারে। এছাড়াও, IHC সাবসেলুলার প্রোটিন স্থানীয়করণ সম্পর্কে তথ্য সরবরাহ করতে পারে। অসুবিধাগুলি হল সীমিত স্কেলেবিলিটি এবং উচ্চ সাংগঠনিক চাহিদা।
দ্বিতীয় প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং (NGS) NGS ডিএনএ এবং/অথবা RNA স্তরে বৈচিত্র্য সনাক্ত করতে উচ্চ-থ্রুপুট সমান্তরাল সিকোয়েন্সিং কৌশল ব্যবহার করে। এই কৌশলটি পুরো জিনোম (WGS) এবং আগ্রহের জিন অঞ্চল উভয়কেই সিকোয়েন্স করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। WGS সবচেয়ে ব্যাপক জিনোমিক মিউটেশন তথ্য সরবরাহ করে, তবে এর ক্লিনিকাল প্রয়োগে অনেক বাধা রয়েছে, যার মধ্যে রয়েছে তাজা টিউমার টিস্যু নমুনার প্রয়োজনীয়তা (WGS এখনও ফর্মালিন-অচল নমুনা বিশ্লেষণের জন্য উপযুক্ত নয়) এবং উচ্চ ব্যয়।
টার্গেটেড এনজিএস সিকোয়েন্সিংয়ে পুরো এক্সন সিকোয়েন্সিং এবং টার্গেট জিন প্যানেল অন্তর্ভুক্ত থাকে। এই পরীক্ষাগুলি ডিএনএ প্রোব বা পিসিআর অ্যামপ্লিফিকেশন দ্বারা আগ্রহের অঞ্চলগুলিকে সমৃদ্ধ করে, যার ফলে প্রয়োজনীয় সিকোয়েন্সিংয়ের পরিমাণ সীমিত হয় (পুরো এক্সোম জিনোমের ১ থেকে ২ শতাংশ তৈরি করে, এমনকি ৫০০ জিন ধারণকারী বড় প্যানেলগুলিও জিনোমের মাত্র ০.১ শতাংশ তৈরি করে)। যদিও ফরমালিন-স্থির টিস্যুতে পুরো এক্সন সিকোয়েন্সিং ভালোভাবে কাজ করে, তবুও এর খরচ বেশি থাকে। টার্গেট জিনের সংমিশ্রণ তুলনামূলকভাবে সাশ্রয়ী এবং পরীক্ষা করার জন্য জিন নির্বাচনের ক্ষেত্রে নমনীয়তা প্রদান করে। এছাড়াও, ক্যান্সার রোগীদের জিনোমিক বিশ্লেষণের জন্য সঞ্চালিত মুক্ত ডিএনএ (cfDNA) একটি নতুন বিকল্প হিসেবে আবির্ভূত হচ্ছে, যা তরল বায়োপসি নামে পরিচিত। ক্যান্সার কোষ এবং স্বাভাবিক কোষ উভয়ই রক্তপ্রবাহে ডিএনএ ছেড়ে দিতে পারে এবং ক্যান্সার কোষ থেকে নির্গত ডিএনএকে সার্কুলেটিং টিউমার ডিএনএ (ctDNA) বলা হয়, যা টিউমার কোষে সম্ভাব্য মিউটেশন সনাক্ত করতে বিশ্লেষণ করা যেতে পারে।
পরীক্ষার পছন্দ নির্ভর করে নির্দিষ্ট ক্লিনিকাল সমস্যার সমাধানের উপর। অনুমোদিত থেরাপির সাথে যুক্ত বেশিরভাগ বায়োমার্কার FISH, IHC এবং PCR কৌশল দ্বারা সনাক্ত করা যেতে পারে। এই পদ্ধতিগুলি অল্প পরিমাণে বায়োমার্কার সনাক্তকরণের জন্য যুক্তিসঙ্গত, তবে ক্রমবর্ধমান থ্রুপুট সহ সনাক্তকরণের দক্ষতা উন্নত করে না এবং যদি খুব বেশি বায়োমার্কার সনাক্ত করা হয়, তবে সনাক্তকরণের জন্য পর্যাপ্ত টিস্যু নাও থাকতে পারে। কিছু নির্দিষ্ট ক্যান্সারে, যেমন ফুসফুসের ক্যান্সারে, যেখানে টিস্যুর নমুনা পাওয়া কঠিন এবং পরীক্ষা করার জন্য একাধিক বায়োমার্কার থাকে, NGS ব্যবহার করা একটি ভাল পছন্দ। উপসংহারে, পরীক্ষার পছন্দ প্রতিটি রোগীর জন্য পরীক্ষা করা বায়োমার্কারের সংখ্যা এবং বায়োমার্কারের জন্য পরীক্ষা করা রোগীর সংখ্যার উপর নির্ভর করে। কিছু ক্ষেত্রে, IHC/FISH ব্যবহার যথেষ্ট, বিশেষ করে যখন লক্ষ্য চিহ্নিত করা হয়েছে, যেমন স্তন ক্যান্সার রোগীদের ক্ষেত্রে ইস্ট্রোজেন রিসেপ্টর, প্রোজেস্টেরন রিসেপ্টর এবং ERBB2 সনাক্তকরণ। জিনোমিক মিউটেশনের আরও ব্যাপক অনুসন্ধান এবং সম্ভাব্য থেরাপিউটিক লক্ষ্যগুলির সন্ধানের প্রয়োজন হলে, NGS আরও সুসংগঠিত এবং সাশ্রয়ী। এছাড়াও, যেখানে IHC/FISH ফলাফল অস্পষ্ট বা অনিশ্চিত, সেইসব ক্ষেত্রে NGS বিবেচনা করা যেতে পারে।

কোন রোগীদের জেনেটিক পরীক্ষার জন্য যোগ্য হওয়া উচিত সে সম্পর্কে বিভিন্ন নির্দেশিকা নির্দেশিকা প্রদান করে। ২০২০ সালে, ESMO প্রিসিশন মেডিসিন ওয়ার্কিং গ্রুপ উন্নত ক্যান্সারে আক্রান্ত রোগীদের জন্য প্রথম NGS পরীক্ষার সুপারিশ জারি করে, উন্নত নন-স্কোয়ামাস নন-স্মল সেল ফুসফুস ক্যান্সার, প্রোস্টেট ক্যান্সার, কোলোরেক্টাল ক্যান্সার, পিত্ত নালী ক্যান্সার এবং ডিম্বাশয়ের ক্যান্সার টিউমার নমুনার জন্য নিয়মিত NGS পরীক্ষার সুপারিশ করে এবং ২০২৪ সালে, ESMO এই ভিত্তিতে আপডেট করে, স্তন ক্যান্সার এবং বিরল টিউমার অন্তর্ভুক্ত করার সুপারিশ করে। যেমন গ্যাস্ট্রোইনটেস্টাইনাল স্ট্রোমাল টিউমার, সারকোমা, থাইরয়েড ক্যান্সার এবং অজানা উৎসের ক্যান্সার।
২০২২ সালে, মেটাস্ট্যাটিক বা অ্যাডভান্সড ক্যান্সারে আক্রান্ত রোগীদের সোমাটিক জিনোম টেস্টিং সম্পর্কিত ASCO-এর ক্লিনিক্যাল মতামতে বলা হয়েছে যে মেটাস্ট্যাটিক বা অ্যাডভান্সড সলিড টিউমারযুক্ত রোগীদের ক্ষেত্রে যদি বায়োমার্কার সম্পর্কিত থেরাপি অনুমোদিত হয়, তাহলে এই রোগীদের জন্য জেনেটিক পরীক্ষা করার পরামর্শ দেওয়া হয়। উদাহরণস্বরূপ, BRAF V600E মিউটেশনের জন্য স্ক্রিন করার জন্য মেটাস্ট্যাটিক মেলানোমা আক্রান্ত রোগীদের জিনোমিক পরীক্ষা করা উচিত, কারণ এই ইঙ্গিতের জন্য RAF এবং MEK ইনহিবিটর অনুমোদিত। এছাড়াও, রোগীকে ওষুধটি দেওয়ার জন্য প্রতিরোধের একটি স্পষ্ট চিহ্ন থাকলে জেনেটিক পরীক্ষাও করা উচিত। উদাহরণস্বরূপ, Egfrmab, KRAS মিউট্যান্ট কোলোরেক্টাল ক্যান্সারে অকার্যকর। জিন সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য রোগীর উপযুক্ততা বিবেচনা করার সময়, রোগীর শারীরিক অবস্থা, সহ-অসুবিধা এবং টিউমার পর্যায় একত্রিত করা উচিত, কারণ জিনোম সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য প্রয়োজনীয় ধাপগুলির সিরিজ, যার মধ্যে রোগীর সম্মতি, পরীক্ষাগার প্রক্রিয়াকরণ এবং সিকোয়েন্সিং ফলাফল বিশ্লেষণ অন্তর্ভুক্ত, রোগীর পর্যাপ্ত শারীরিক ক্ষমতা এবং আয়ুষ্কাল থাকা প্রয়োজন।
সোমাটিক মিউটেশনের পাশাপাশি, কিছু ক্যান্সারের জার্মলাইন জিনের জন্যও পরীক্ষা করা উচিত। জার্মলাইন মিউটেশনের পরীক্ষা স্তন, ডিম্বাশয়, প্রোস্টেট এবং অগ্ন্যাশয় ক্যান্সারে BRCA1 এবং BRCA2 মিউটেশনের মতো ক্যান্সারের চিকিৎসার সিদ্ধান্তকে প্রভাবিত করতে পারে। জার্মলাইন মিউটেশনের ফলে রোগীদের ভবিষ্যতে ক্যান্সার স্ক্রিনিং এবং প্রতিরোধের ক্ষেত্রেও প্রভাব পড়তে পারে। জার্মলাইন মিউটেশনের পরীক্ষার জন্য সম্ভাব্য উপযুক্ত রোগীদের কিছু শর্ত পূরণ করতে হবে, যার মধ্যে ক্যান্সারের পারিবারিক ইতিহাস, রোগ নির্ণয়ের সময় বয়স এবং ক্যান্সারের ধরণের মতো বিষয়গুলি অন্তর্ভুক্ত থাকে। তবে, জার্মলাইনে প্যাথোজেনিক মিউটেশন বহনকারী অনেক রোগী (50% পর্যন্ত) পারিবারিক ইতিহাসের ভিত্তিতে জার্মলাইন মিউটেশনের পরীক্ষার জন্য ঐতিহ্যবাহী মানদণ্ড পূরণ করেন না। অতএব, মিউটেশন বাহকদের সনাক্তকরণ সর্বাধিক করার জন্য, ন্যাশনাল কম্প্রিহেনসিভ ক্যান্সার নেটওয়ার্ক (NCCN) সুপারিশ করে যে স্তন, ডিম্বাশয়, এন্ডোমেট্রিয়াল, অগ্ন্যাশয়, কোলোরেক্টাল বা প্রোস্টেট ক্যান্সারে আক্রান্ত সমস্ত বা বেশিরভাগ রোগীর জার্মলাইন মিউটেশনের জন্য পরীক্ষা করা উচিত।
জেনেটিক পরীক্ষার সময় সম্পর্কে, যেহেতু বেশিরভাগ ক্লিনিক্যালি উল্লেখযোগ্য ড্রাইভার মিউটেশনগুলি ক্লোনাল এবং ক্যান্সারের অগ্রগতির সময় তুলনামূলকভাবে স্থিতিশীল থাকে, তাই উন্নত ক্যান্সার নির্ণয়ের সময় রোগীদের উপর জেনেটিক পরীক্ষা করা যুক্তিসঙ্গত। পরবর্তী জেনেটিক পরীক্ষার জন্য, বিশেষ করে আণবিক লক্ষ্যযুক্ত থেরাপির পরে, টিউমার টিস্যু ডিএনএর চেয়ে সিটিডিএনএ পরীক্ষা বেশি সুবিধাজনক, কারণ রক্তের ডিএনএতে সমস্ত টিউমার ক্ষত থেকে ডিএনএ থাকতে পারে, যা টিউমারের ভিন্নতা সম্পর্কে তথ্য পাওয়ার জন্য আরও সহায়ক।
চিকিৎসার পর ctDNA বিশ্লেষণ করলে চিকিৎসার প্রতি টিউমারের প্রতিক্রিয়া পূর্বাভাস দেওয়া সম্ভব হতে পারে এবং স্ট্যান্ডার্ড ইমেজিং পদ্ধতির আগে রোগের অগ্রগতি শনাক্ত করা সম্ভব হতে পারে। তবে, চিকিৎসার সিদ্ধান্ত পরিচালনার জন্য এই তথ্য ব্যবহারের প্রোটোকল প্রতিষ্ঠিত হয়নি, এবং ক্লিনিকাল ট্রায়াল ছাড়া ctDNA বিশ্লেষণ সুপারিশ করা হয় না। র‌্যাডিকাল টিউমার সার্জারির পরে ছোট ছোট অবশিষ্ট ক্ষত মূল্যায়নের জন্যও ctDNA ব্যবহার করা যেতে পারে। অস্ত্রোপচারের পর ctDNA পরীক্ষা পরবর্তী রোগের অগ্রগতির একটি শক্তিশালী ভবিষ্যদ্বাণী এবং রোগী অ্যাডজুভেন্ট কেমোথেরাপি থেকে উপকৃত হবেন কিনা তা নির্ধারণ করতে সাহায্য করতে পারে, তবে অ্যাডজুভেন্ট কেমোথেরাপির সিদ্ধান্ত পরিচালনার জন্য ক্লিনিকাল ট্রায়ালের বাইরে ctDNA ব্যবহার করার পরামর্শ দেওয়া হয় না।

তথ্য প্রক্রিয়াকরণ জিনোম সিকোয়েন্সিংয়ের প্রথম ধাপ হল রোগীর নমুনা থেকে ডিএনএ বের করা, লাইব্রেরি প্রস্তুত করা এবং কাঁচা সিকোয়েন্সিং ডেটা তৈরি করা। কাঁচা ডেটার জন্য আরও প্রক্রিয়াকরণের প্রয়োজন হয়, যার মধ্যে রয়েছে নিম্নমানের ডেটা ফিল্টার করা, রেফারেন্স জিনোমের সাথে তুলনা করা, বিভিন্ন বিশ্লেষণাত্মক অ্যালগরিদমের মাধ্যমে বিভিন্ন ধরণের মিউটেশন সনাক্ত করা, প্রোটিন অনুবাদের উপর এই মিউটেশনের প্রভাব নির্ধারণ করা এবং জার্ম লাইন মিউটেশন ফিল্টার করা।
ড্রাইভার জিন অ্যানোটেশনটি ড্রাইভার এবং যাত্রীর মিউটেশনের পার্থক্য করার জন্য তৈরি করা হয়েছে। ড্রাইভার মিউটেশন টিউমার দমনকারী জিনের কার্যকলাপ হ্রাস বা বৃদ্ধির দিকে পরিচালিত করে। টিউমার দমনকারী জিনের নিষ্ক্রিয়তার দিকে পরিচালিত করে এমন ছোট রূপগুলির মধ্যে রয়েছে ননসেন্স মিউটেশন, ফ্রেমশিফ্ট মিউটেশন এবং কী স্প্লিসিং সাইট মিউটেশন, সেইসাথে কম ঘন ঘন স্টার্ট কোডন ডিলিটেশন, স্টপ কোডন ডিলিটেশন এবং বিস্তৃত পরিসরের ইন্ট্রন ইনসার্শন/ডিলিটেশন মিউটেশন। এছাড়াও, মিসসেন্স মিউটেশন এবং ছোট ইন্ট্রন ইনসার্শন/ডিলিটেশন মিউটেশনগুলি গুরুত্বপূর্ণ কার্যকরী ডোমেনগুলিকে প্রভাবিত করার সময় টিউমার দমনকারী জিনের কার্যকলাপ হ্রাস করতে পারে। টিউমার দমনকারী জিনের কার্যকলাপ হ্রাসের দিকে পরিচালিত করে এমন কাঠামোগত রূপগুলির মধ্যে রয়েছে আংশিক বা সম্পূর্ণ জিন মুছে ফেলা এবং অন্যান্য জিনোমিক রূপ যা জিন পড়ার ফ্রেমের ধ্বংসের দিকে পরিচালিত করে। ছোট রূপগুলি যা অনকোজিনের কার্যকারিতা বৃদ্ধির দিকে পরিচালিত করে তার মধ্যে রয়েছে মিসসেন্স মিউটেশন এবং মাঝে মাঝে ইন্ট্রন ইনসার্শন/ডিলিটেশন যা গুরুত্বপূর্ণ প্রোটিন কার্যকরী ডোমেনগুলিকে লক্ষ্য করে। বিরল ক্ষেত্রে, প্রোটিন কাটা বা স্প্লিসিং সাইট মিউটেশনগুলি অনকোজিনগুলির সক্রিয়করণের দিকে পরিচালিত করতে পারে। স্ট্রাকচারাল মিউটেশন যা অনকোজিন সক্রিয়করণের দিকে পরিচালিত করে তার মধ্যে রয়েছে জিন ফিউশন, জিন মুছে ফেলা এবং জিনের সদৃশতা।
জিনোমিক প্রকরণের ক্লিনিক্যাল ব্যাখ্যা চিহ্নিত মিউটেশনের ক্লিনিক্যাল তাৎপর্য মূল্যায়ন করে, অর্থাৎ তাদের সম্ভাব্য ডায়াগনস্টিক, ভবিষ্যদ্বাণীমূলক, বা থেরাপিউটিক মূল্য। জিনোমিক প্রকরণের ক্লিনিক্যাল ব্যাখ্যা পরিচালনা করার জন্য বেশ কয়েকটি প্রমাণ-ভিত্তিক গ্রেডিং সিস্টেম ব্যবহার করা যেতে পারে।
মেমোরিয়াল স্লোয়ান-কেটরিং ক্যান্সার সেন্টারের প্রিসিশন মেডিসিন অনকোলজি ডেটাবেস (অনকোকেবি) ওষুধ ব্যবহারের জন্য তাদের ভবিষ্যদ্বাণীমূলক মানের উপর ভিত্তি করে জিনের রূপগুলিকে চারটি স্তরে শ্রেণীবদ্ধ করে: স্তর 1/2, এফডিএ-অনুমোদিত, বা ক্লিনিক্যালি-স্ট্যান্ডার্ড বায়োমার্কার যা অনুমোদিত ওষুধের প্রতি নির্দিষ্ট ইঙ্গিতের প্রতিক্রিয়া পূর্বাভাস দেয়; স্তর 3, এফডিএ-অনুমোদিত বা অ-অনুমোদিত বায়োমার্কার যা ক্লিনিক্যাল ট্রায়ালে প্রতিশ্রুতিশীল নতুন লক্ষ্যযুক্ত ওষুধের প্রতিক্রিয়া পূর্বাভাস দেয়, এবং স্তর 4, এফডিএ-অনুমোদিত নয় এমন বায়োমার্কার যা ক্লিনিক্যাল ট্রায়ালে বিশ্বাসযোগ্য জৈবিক প্রমাণ দেখিয়েছে এমন নতুন লক্ষ্যযুক্ত ওষুধের প্রতিক্রিয়া পূর্বাভাস দেয়। চিকিৎসা প্রতিরোধের সাথে যুক্ত পঞ্চম উপগোষ্ঠী যোগ করা হয়েছিল।
সোমাটিক বৈচিত্র্যের ব্যাখ্যার জন্য আমেরিকান সোসাইটি ফর মলিকুলার প্যাথলজি (AMP)/আমেরিকান সোসাইটি অফ ক্লিনিক্যাল অনকোলজি (ASCO)/কলেজ অফ আমেরিকান প্যাথলজিস্টস (CAP) এর নির্দেশিকা সোমাটিক বৈচিত্র্যকে চারটি বিভাগে ভাগ করে: গ্রেড I, শক্তিশালী ক্লিনিক্যাল তাৎপর্য সহ; গ্রেড II, সম্ভাব্য ক্লিনিক্যাল তাৎপর্য সহ; গ্রেড III, ক্লিনিক্যাল তাৎপর্য অজানা; গ্রেড IV, ক্লিনিক্যাল তাৎপর্যপূর্ণ বলে জানা যায়নি। চিকিৎসার সিদ্ধান্তের জন্য শুধুমাত্র গ্রেড I এবং II রূপগুলি মূল্যবান।
ESMO-এর মলিকুলার টার্গেট ক্লিনিক্যাল অপারেবিলিটি স্কেল (ESCAT) জিনের ধরণগুলিকে ছয়টি স্তরে শ্রেণীবদ্ধ করে: স্তর I, নিয়মিত ব্যবহারের জন্য উপযুক্ত লক্ষ্যমাত্রা; পর্যায় II, একটি লক্ষ্য যা এখনও অধ্যয়ন করা হচ্ছে, লক্ষ্যমাত্রা থেকে উপকৃত হতে পারে এমন রোগীর জনসংখ্যা পরীক্ষা করার জন্য ব্যবহার করা হতে পারে, তবে এটি সমর্থন করার জন্য আরও তথ্য প্রয়োজন। গ্রেড III, লক্ষ্যমাত্রাযুক্ত জিনের ধরণ যা অন্যান্য ক্যান্সার প্রজাতির ক্ষেত্রে ক্লিনিক্যাল সুবিধা প্রদর্শন করেছে; গ্রেড IV, শুধুমাত্র লক্ষ্যমাত্রাযুক্ত জিনের ধরণ যা প্রাক-ক্লিনিক্যাল প্রমাণ দ্বারা সমর্থিত; গ্রেড V-তে, মিউটেশনকে লক্ষ্য করার ক্লিনিক্যাল তাৎপর্য সমর্থন করার প্রমাণ রয়েছে, তবে লক্ষ্যমাত্রার বিরুদ্ধে একক-ওষুধ থেরাপি বেঁচে থাকার সময় বাড়ায় না, অথবা একটি সম্মিলিত চিকিৎসা কৌশল গ্রহণ করা যেতে পারে; গ্রেড X, ক্লিনিক্যাল মূল্যের অভাব।